CT mozku se často provádí při podezření na cévní mozkovou příhodu (mrtvice), nádor mozku, traumatické poranění mozku, infekce nebo hodnocení mozkových struktur před chirurgickým zákrokem.
Některá CT vyšetření mozku se obejdou bez podání kontrastní látky. Někdy je však při vyšetření mozku vhodné kontrastní látku podat kvůli zvýraznění cévního systému. Nejčastěji se jedná o jódovou kontrastní látku, která se aplikuje nitrožilně. Pokud je pacient hospitalizovaný, a vyhovující kanylu již má zavedenou z oddělení, je použita tato stávající. Poté pacient zaujme polohu na zádech a pořizují se série CT skenů vyšetřované oblasti.
Vyšetření bez nutnosti podání kontrastní látky (tzv. nativní CT mozku) lze provést bez jakékoli přípravy. Vyšetření s nutností podání kontrastní látky je vhodné provést na lačný žaludek. To znamená, že by pacient neměl jíst ideálně 4 hodiny před vyšetřením. Během této doby je však povoleno pít neperlivou vodu a užívat nezbytné léky.
Během vyšetření je pacient vystaven co nejvíce minimalizovanému množství ionizujícího záření, které je bezpečné pro většinu pacientů. Po skončení vyšetření se pacient může ihned vrátit k normálnímu dennímu režimu. Zvýšená opatrnost je však namístě v případě indikace vyšetření u těhotných žen. Indikace k CT vyšetření těhotných žen jsou však málo časté.
Magnetická rezonance (MR, MRI sken) je druh zobrazovacího vyšetření, který na rozdíl od CT nevyužívá rentgenové záření, ale magnetických vlastností atomů ovlivňovaných magnetickým polem přístroje. Výsledný obraz je pro laika podobný jako při CT vyšetření, více však rozlišuje jednotlivé tkáně, včetně různých struktur mozku.
Magnetická rezonance se lépe hodí k zobrazení měkkých tkání, u jejichž vyšetření navíc většinou není potřeba kontrastní látka. CT vyšetření je naopak vhodnější pro zobrazení kostěné struktury. Jeho výhodou je také kratší čas potřebný k vyšetření.